Prvý doklad osídlenia pochádza z roku 120 000 pred naším letopočtom, keď bol objavený antropologický nález výliatku mozgovne neandertálskeho pračloveka z Gánoviec pri Poprade. Osídlenie v tejto oblasti sú dokumentovanú aj v Ondavskej a Šarišskej vrchovine, Košickej, Popradskej a Hornádskej kotline a v podhorí Vihorlatu.

V 12. storočí sa na tomto území začala stavba kráľovských hradov (Kapušiansky, Plaveč, Spišský a Šarišský), ktoré vojensky kontrolovali a ovládali celé pohraničie a krajinské cesty. Ničivý vpád Tatárov v 13. storočí zdemoloval veľkú časť tohto územia. Od 13. storočia sa územie dnešného Prešovského kraja delilo do 3 stolíc: Spišskej, Šarišskej a Zemplínskej.

Obciam a trhovým mestečkám, ktoré sa stali pridelenými privilégiami mestá, boli najvýznamnejšie a najštaršie Bardejov, Levoča, Sabinov, Prešov, Kežmarok, Spišská Sobota a Veľký Šariš. Cez tieto mestá viedli obchodné cesty z Balkánu cez Uhorsko a Poľsko do Pobaltia. Najznámejšou bola Magna via – veľká cesta na osi Košice – Prešov – Bardejov.

Počas 15. storočia sa rozšírili sociálne nepokoje, začal rozmach bratríckeho hnutia, všetky tieto okolnosti boli výsledkom boja o uhorský trón.

Južné časti Spiša a Šariša zasiahli v 16. storočí pustošivé nájazdy Turkov. Po ich porážke na konci 17. storočia zaznamenáva celý región intenzívnu stavebnú činnosť pri obnove miest a hradov.

Zlá ekonomická a sociálna situácia, úpadok remesiel a obchodu v mestách, živelné pohromy, epidémie a hladomory vyvolali východoslovenské roľnícke povstanie v roku 1831, ktoré pripomína monumentálny pamätník na vrchu Furča nad Haniskou pri Prešove. Od polovice 19. storočia dochádza k masovému vysťahovalectvu obyvateľstva na Dolnú zem a neskôr do Zámoria. Do dejín regiónu zasiahli najväčšie svetové vojenské konflikty prvej polovice 20. storočia, a to krvavými bitkami medzi ruskými a rakúsko-uhorskými armádami na severovýchode územia počas prvej svetovej vojny a Karpatsko-duklianskou operáciou na sklonku druhej svetovej vojny, v roku 1944.